Nach langjährigem Fortschreiten der Mukusreduktion und bestehenden Dysbiose im Darm, kann es zu einer dauerhaften Öffnung der Darmzellzwischenräume kommen. Insbesondere bei umfangreichem Verlust der sonst schützdenden Schleimschicht kommt es zu einer Bindung von Proteinen wie Gluten an die Darmepithelzelle. Diese Bindung führt dann zu einer Ausschüttung von des Signalmoleküls Zonulin. Dieses führt zu einer Lockerung der Darmepithelbindungen, der so genannten Tight-Junctions, sodass Flüssigkeit aus den Darmblutgefäßen in den Darm übertreten kann. Bei einer anhaltenden Lösung der Tight-Junctions über einen langen Zeitraum, können sich zudem Darmbakterien und Entzündungszellen zwischen den Darmwandzellen festsetzen, sodass sich eine Darmwandentzündung verfestigt. Ein Zeichen hierfür ist die Ausschüttung von Alpha-1-Antitrypsin, einem Eiweiß, welches in der Leber gebildet wird und bei einer intakten Darmschleimhaut nicht im Darmlumen auffindbar ist.