Nach langjährigem Fortschreiten der Mukusreduktion und bestehenden Dysbiose im Darm, kann es zu einer dauerhaften Öffnung der Darmzellzwischenräume kommen. Insbesondere bei umfangreichem Verlust der sonst schützenden Schleimschicht kann es zu einem Kontakt von Proteinen wie Gluten mit dem Darmepithelzellen kommen. Es deutet viel darauf hin, dass dieser Kontakt zu einer Ausschüttung des Signalmoleküls Zonulin führen kann. Diese führt dann zu einer Lockerung der Darmepithelbindungen, der so genannten Tight-Junctions, sodass Flüssigkeit aus den Darmblutgefäßen in den Darm übertreten kann. Bei einer anhaltenden Lösung der Tight-Junctions über einen langen Zeitraum, können sich zudem Darmbakterien und Entzündungszellen zwischen den Darmwandzellen festsetzen, sodass sich eine Darmwandentzündung verfestigt. Ein Zeichen für eine fortgeschrittene Beschädigung der Darmbarriere ist die Ausschüttung von Alpha-1-Antitrypsin, einem Eiweiß, welches in der Leber gebildet wird und bei einer intakten Darmschleimhaut nicht im Darmlumen auffindbar ist.