Durch zum Beispiel ein langjährig bestehendes Ungleichgewicht der Darmbakterien, kann es zu einer Reduktion der Darmschleimschicht kommen. Mögliche Ursachen hierfür sind die Fehlfunktion der Darmepithelzellen, aber insbesondere auch die Vermehrung von schleimhautreduzierenden Darmbakterien wie Akkermansia muciniphilia und Bakterioides caccae oder uniformis. Diese können sich bei einem Mangel an Ballaststoffen von den Zuckern, aus denen die die Schleimschicht des Darms gebildet wird, ernähren. Nehmen wir mit unserer Nahrung nicht genügend Ballaststoffe auf, gewinnen diese Bakterien gegenüber anderen Bakterien, wie z.B. Laktobakterien die Oberhand.

Durch die Reduktion der Darmschleimschicht kommen die so genannten FODMAPs, unverdauliche Proteine wie Gluten aus Getreide, Lektin aus Gemüse und Milcheiweiße wie Kasein mit den Darmwandzellen und den Zellen des Immunsystems in Berührung. Das Immunsystem sucht die Darmwand regelmäßig mit Hilfe von dendritischen Zellen nach potenziellen Feinden ab und reagiert bei entsprechendem Kontakt mit der Ausschüttung von entzündungsfördernden Botenstoffen. In der Folge werden Antikörpern produziert und freigesetzt, welche dann unter anderem über die Verbindung mit Mastzellen zur Ausschüttung von Histaminen führen können. Die vermeintlich so häufig diagnostizierte Histamin-Intoleranz ist also vielmehr eine Intoleranz gegen bestimmte Nahrungsprodukte, die eine Histaminreaktion auslösen. Durch diese Entzündungsreaktion kann es zu Allergien und später auch zu Autoimmunerkrankungen kommen.