Eine Dysbiose im Darm kann in einer Vielzahl von möglichen Verschiebungen der Darmflora vorkommen und ist heute nur ansatzweise definierbar. Ein wesentliches Störungsmuster ist jedoch die Reduktion von Milchsäurebakterien im Dünndarm, wodurch die Verdauungsleistung des Darms relevant und pathophysiologisch erkennbar gestört wird. Dabei kommt es zu einem Mangel an bioaktiven und bioverfügbaren Nährstoffen. Zudem wird durch den fehlenden Abbau von Phytinsäure die Eiweißverdauung gestört. Gelegentlich kommt es sogar zur Besiedlung des Dünndarms mit fakultativ pathogenen Keimen.

Durch die gestörte Eiweißverdauung im Dünndarm und die reduzierte Milchsäurebildung, kann es auch zu einer Übersiedlung von proteolytischen Keimen in den Dickdarm kommen, sodass vermehrt Fäulnisprodukte wie die biogenen Amine, Putrescin und Cadaverin entstehen können. Zudem werden häufig schwefelhaltige Gase produziert, welche den Körper und die Umwelt belasten.

Eine hohe Last an fermentierbaren Zuckern (FODMAPs)  in der Nahrung führt zudem zu einer vermehrten Gasbildung und möglichen Stuhlveränderung wie Durchfällen oder dünnem Stuhl. FODMAPs können teilweise auch zu gesunden kurzkettigen Fettsäuren abgebaut werden. Trotzdem kann die hohe Produktionsmenge von Methan und anderen Gasen während der Verdauung sowie der osmotische Druck in das Darmlumen belastend sein.